Der großen Bedeutung der Nanotechnologie trägt die Baden-Württemberg Stiftung bereits seit 2002 Rechnung. Sie unterstützt im Rahmen des Kompetenznetzes Funktionelle Nanostrukturen interdisziplinäre Forschungsprojekte aus unterschiedlichen thematischen Bereichen: Neben Untersuchungen zu biofunktionellen Nanostrukturen sind Forschungsvorhaben zur Nano-Elektrochemie Teil des Programms, aber auch Projekte, die elektronische, optische und magnetische Eigenschaften von Nanostrukturen erforschen.
Das Kompetenznetz Funktionelle Nanostrukturen wird seit 2002 mit rund 21 Mio. Euro unterstützt. Derzeit werden 20 Projekte durchgeführt, die sich durch eine enge Zusammenarbeit von jeweils zwei bis drei Projektpartnern auszeichnen. Darüber hinaus sind die Projekte standort- und fächerübergreifend angelegt.