Entsprechend den gesetzlichen Vorgaben und dem Gesellschaftsvertrag verfolgt die Baden-Württemberg Stiftung ihre gemeinnützigen Zwecke überwiegend dadurch, dass sie selbst Programme in den genannten Themengebieten ausschreibt. Welche Themen die Baden-Württemberg Stiftung umsetzt, wird vom Aufsichtsrat der Baden-Württemberg Stiftung auf Vorschlag der Geschäftsführung festgelegt.

Entscheidungsverfahren
Der Aufsichtsrat beschließt in seinen Sitzungen die Themen und Förderlinien und definiert den finanziellen Rahmen. Die Geschäftsführung erarbeitet die jeweiligen Ausschreibungen und stellt sie geeigneten Teilnehmerkreisen und der Öffentlichkeit zur Verfügung.

Im Rahmen der definierten Ausschreibungsbedingungen können sich geeignete Institutionen und Personengruppen um die Teilnahme an dem Programm bewerben.

Die Begutachtung der eingereichten Anträge erfolgt ausschließlich mit Hilfe unabhängiger Expertengremien. Die von den Gutachtern empfohlenen Projektanträge werden einer steuerrechtlichen Prüfung unterzogen. Bei positivem Ergebnis werden mit den jeweiligen Antragstellern Verträge abgeschlossen.

Abwicklungsverfahren
Zur Durchführung der einzelnen Programmlinien kann die Baden-Württemberg Stiftung  Dienstleister beauftragen, die im Auftrag und in enger Abstimmung mit der Baden-Württemberg Stiftung die Projektabwicklung und -überwachung organisieren.

Auftragsforschung
Die Forschungsprogramme fokussieren sich insbesondere auf die Bereiche Hochtechnologie und Lebenswissenschaften. Die Baden-Württemberg Stiftung steuert ihre Aktivitäten hier ausschließlich über wissenschaftliche Exzellenz. Wissenschaftliche Exzellenz setzt u. a. voraus, dass die Forschungseinrichtungen in den zurückliegenden Jahren auf dem jeweiligen Fachgebiet forschend gearbeitet und hochrangig publiziert haben. Daneben muss sie in der Forschungslandschaft so vernetzt sein, dass sie in der Lage ist, interdisziplinär zu arbeiten.

Alle Forschungsprogramme werden grundsätzlich landesweit ausgeschrieben. Bewerben können sich alle Forschungseinrichtungen im Land. Alle Anträge haben sich einer wettbewerblichen Begutachtung durch externe Gutachter, die ebenfalls selbst aktiv in dem jeweiligen Fachgebiet arbeiten und nicht aus Baden-Württemberg kommen, zu unterziehen. Positive Entscheidungen liegen im Durchschnitt über alle Forschungsprogramme bei 10 bis 15 Prozent.

Alle Forschungsprojekte arbeiten auf Basis eines Auftragsforschungsvertrags, der das Projektziel klar vorgibt und den Arbeitsplan sowie die einzelnen Meilensteine vorgibt. Sämtliche Rechte aus dem Forschungsauftrag stehen der Baden-Württemberg Stiftung zu. Zur Halbzeit der Projektlaufzeit findet stets eine Zwischenbegutachtung statt.

Die wissenschaftliche Qualität der Projekte und das Erreichen der Ziele werden in einer Abschlussevaluation durch die von der Baden-Württemberg Stiftung eingesetzten Gutachter bewertet und überprüft.

Ergänzende Hinweise
Grundsätzlich werden Projekte ausschließlich über Ausschreibungen ermittelt. Daneben ist es in seltenen Fällen möglich, dem Aufsichtsrat einzelne Förderanträge zur Entscheidung vorzulegen. Dabei muss es sich um Projekte handeln, die angesichts der Bedeutung des Themas, der Qualität und des Innovationsgehalts und der landesweiten Relevanz von herausragender Bedeutung sind. Eine Förderung ist nur dann möglich, wenn der Aufsichtsrat speziell einen Zuschuss für dieses Projekt beschließt.

Auch Projekte im Kunst- und Kulturbereich werden (mit Ausnahme des Literatursommers) nicht über Ausschreibungen ermittelt. Denkmalprojekte und große Kulturvorhaben werden im Aufsichtsrat beraten und entschieden. Für kleinere und mittelgroße Projekte im Kulturbereich hat der Aufsichtsrat einen Unterausschuss gebildet, der in der Regel drei Mal jährlich tagt. Hier können Anträge formlos eingereicht werden, sofern sie den Richtlinien entsprechen. Anträge für Denkmalprojekte können nur eingereicht werde, wenn es sich um ein Kulturdenkmal von besonderer Bedeutung (§ 12 Denkmalschutzgesetz) handelt, das in das Denkmalbuch des Landes Baden-Württemberg eingetragen ist (§ 19 Denkmalschutzgesetz) und das einer neuen, innovativen und gemeinnützigen Nutzung zugeführt und der Allgemeinheit zugänglich gemacht werden soll. Eigentümer des Denkmals muss eine gemeinnützige oder öffentlich-rechtliche Körperschaft sein.

Förderfähig sind in der Regel 50 Prozent der "Erhaltungsaufwendungen"; d.h. die denkmalbedingten und auch die nutzungsbedingten Mehraufwendungen können von der Baden-Württemberg Stiftung nicht bezuschusst werden.

Alle Anträge werden fachlich begutachtet, bewertet und dem Aufsichtsrat nach dem Exzellenzprinzip zur Förderung vorgeschlagen.